Jussaröns natur är enastående. Den består av allt från sumpiga kärrmarker till karga bergsklippor. Här kan man beskåda sällsynta växter och fåglar. Flyttfåglarnas rutt passerar ön. På Jussarö finns också många djur och i det kringliggande havet finns gott om olika fiskar. Man kan även ha tur att se någon säl. På ön häckar många olika sjöfåglar.

Jussarö hamn nämndes redan på 1240-talet i danska seglingshandböcker. Kökarborna från Åland använde ön som bas när de gjorde fiskefärder på Finska viken. På 1600-talet observerade man magnetiska störningar som försvårade sjöfarten på området och de första sjökorten gjordes på 1750-talet.

De första försöken att bryta järnmalm på ön gjordes 1817. Man bröt malm kontinuerligt mellan åren 1834-1861.

Man byggde en fyr på ön 1891. Man konstaterade dock snart att den var på dålig plats och en ny helautomatiserad fyr byggdes mera söderut på Sundharu år 1922.I större skala bröts malm mellan 1961-1967. Fyndigheten var inte så stor som man hade trott och ön ödelades när brytningen tog slut.

Militären övertog ön och den stängdes för allmänheten. Ön fick en stor betydelse under det kalla kriget. År 1989 blev västra halvan av ön en del av Ekenäs skärgårds nationalpark och på våren 2005 öppnas den östra delen för allmänheten.